Emperatriz Maria, hermana de Felipe II

La Emperatriz María, hermana de doña Juana —la fundadora del convento de las Descalzas Reales—, había casado con el emperador Maximiliano, con el que tuvo 15 hijos. 

Tras la muerte de su esposo regresó a Madrid con su hija Margarita. 

Había tenido una estrecha relación con su hermano; de hecho, sus hijos vivieron en Madrid mucho tiempo e incluso Rodolfo de niño participó en la Misa de consagración del templo, en el año 1564.

 En Madrid fue una gran mecenas, favoreciendo entre otros al músico Tomás Luis de Victoria, maestro de capilla en el monasterio desde 1587 hasta 1611 y quien más tarde compondría la música para su entierro. 

Amplió la colección del monasterio, pues gracias a ella podemos contemplar la serie de tapices de Rubens sobre la Eucaristía, y vivió en el famoso cuarto real, donde ya se había alojado en ocasiones Isabel Clara Eugenia, hija de Felipe II.

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